SEJARAH SEKOLAH MENENGAH SAINS MUZAFFAR SYAH MELAKA
Sejarah awal sekolah ini bermula pada 5 Januari 1973 dengan nama Sekolah Menengah Sains Melaka . Sekolah ini yang dahulunya dikenali sebagai Sekolah Menengah Sains Melaka telah didirikan di kawasan berbukit dengan ketinggian 121.9 meter dari aras laut. Keluasan asalnya ialah 12.9 hektar. Sekolah ini adalah sekolah yang tertinggi di Malaysia. Pada tarikh tersebut seramai 120 orang pelajar Tingkatan 1 telah didaftarkan sebagai pelajar perintis. Mereka terdiri daripada 80 pelajar lelaki dan 40 pelajar perempuan. Mereka ditempatkan di Sekolah Menengah Munsyi Abdullah, Batu Berendam Melaka sementara menunggu bangunannya di Air Keroh siap . Oleh sebab bangunan tersebut lewat disiapkan, pelajar-pelajar Sekolah Menengah Sains ini terpaksa dipindahkan ke Sekolah Menengah Sains Johor di Kluang pada tahun 1974 .
Pada 3 januari 1974 seramai 120 orang pelajar Tingkatan 1 Sekolah Menengah Sains Melaka sekali lagi ditumpangkan sementara di Sekolah Munsyi Abdullah, Batu Berendam Melaka. Walau bagaimanapun mereka telah berjaya ditempatkan di bangunan sekarang di Air Keroh pada 8 Mei 1976 . Pada 10 Mei 1976 sekolah ini telah menerima seramai 160 orang pelajar bagi memulakan pengajian di Tingkatan empat.
Pada tahun 1978, dengan kerjasama Unit Matrikulasi Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM), sekolah ini telah diberi kepercayaan untuk menjalankan Kursus Matrikulasi , satu kursus intensif setahun untuk pelajar-pelajar Universiti Kebangsaan Malaysia. Kumpulan pertama pelajar-pelajar Kursus Matrikulasi ini terdiri daripada 102 orang pelajar yang didatangkan daripada seluruh tanahair. Tingkatan 6 telah dihentikan dan kelas Matrikulasi UKM disambungkan semula dengan memulakan Kelas Matrikulasi Sains Kejuruteraan.
Walau bagaimanapun kursus matrikulasi yang ada telah ditamatkan pada tahun 2000 atas dasar baru Kementerian Pelajaran Malaysia. Sekolah ini juga dikenali sebagai Mozac sebagai singkatan kepada Muzaffar College dalam kalangan bekas pelajarnya dan juga warga Sekolah Berasrama Penuh, Kementerian Pelajaran Malaysia.
